سید ناصر موسوی لارگانی فرزند سید مهدی، در شهرلارگان از توابع بخش مرکزی شهرستان فلاورجان در خانواده‌ای مذهبی و روحانی متولد شد. دوران ابتدایی را در مدرسه ابتدایی زمانیه لارگان و دوران راهنمایی را در مدرسه راهنمایی بندارت (نواب صفوی فعلی) گذراند. در سال ۱۳۵۶ برای گذراندن دروس اسلامی به حوزه علمیه اصفهان رفت. پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران به تحصیلات حوزوی خود در مدرسه علمیه اصفهان ادامه داد.
در سال ۱۳۶۱ به عضویت سپاه پاسداران درآمده و راهی جبهه خوزستان شد. در سال ۱۳۶۲ به مدت شش ماه در بیت امام خمینی (ره) در جماران به عنوان پاسدار مشغول به خدمت بود و در این دوران در تمامی سخنرانیها و دیدارهای مردمی امام خمینی (ره) حضور داشت. در ضمن تحصیلات خود در حوزه، موفق به اخذ مدرک کارشناسی ارشد در رشته تاریخ اسلام از دانشگاه گردید.